Вторая часть подтвердила мои предположения относительно того, что речь идет об истории Атлантиды, после того, как Царицу Орлицу и ее новорожденного ребенка закатили в бочку и кинули в море-окиян.

Смысл всей истории  в том, что Основатели оставили потомкам некое послание, которое заключено в артефакте, открыть который может лишь Дивергент. Человек, стоящий вне фракций, точнее даже над фракциями.

Основатели живут за стеной. Стена - граница между атомаркой и Астралом. То есть основатели - это как раз Гвидон и Царица. Следовательно, история разворачивается от момента, когда Рептоиды полностью захватили власть в Атлантиде и до ее уничтожения.
Городом, то есть Атлантидой правит Джанин, она же Наина. Она же Царица Рептоидов. Командиры Бесстрашных, которые не подверглись чипизации -  тоже воплощенные Рептоиды.

Очень похож на ребят из клипа Гаги "Алехандро".

Хотя явных рептильных знаков нет, но психотип Джанин явно не человеческий.

Ее цель -  управлять цивилизацией посредством манипулирования людьми, как можно дольше и как можно эффективнее. Эффективность в ее понимании - это всеохватный контроль над сознанием и поведением. Поэтому все Дивергенты, которые неуправляемы, должны быть уничтожены.
Джанин думает, что информация заложенная в Артефакте дает еще больше власти и поможет решить проблему Дивергентов и во чтобы то ни стало желает открыть его используя силу Трис, как самой сильной из них.
Однако после открытия артефакта ее ждало жестокое разочарование - оказывается Основатели именно Дивергентов и считают истинными людьми, и весь эксперимент имел целью создание именно Дивергентов. Потому что именно они могут и имеют право выйти за пределы Стены и стать подлинно свободными. То есть способными на космическую эволюцию.
Есть еще одна сюжетная линия, которая четко указывает на Атлантиду. Оказывается у главного героя Фора убили мать, казнили ее и он долгое время был уверен, что она мертва. Но в фильме 2 она оказывается жива и мало того - возглавляет целый отряд Изгоев. Правда отношения у них не очень складываются. Не совсем понял в чем у них раскол, но именно Эвилин, мать Фора в итоге убивает Джанин.